Кубагушев Айрат Минниахметович был создателем нового направления в башкирской народной музыке. В результате его исследовательской деятельности восстановлены башкирские музыкальные инструменты и утерянные исполнительские традиции на них; впервые создал оркестр башкирских народных инструментов; принимал участие в создании кафедры традиционного музыкального исполнительства и факультета башкирской музыки в Уфимском государственном институте искусств, успешно руководимые им долгие годы. А.М. Кубагушев внёс большой вклад в изучении башкирского музыкального фольклора.
Им изданы фольклорные сборники «Колыбельные песни», «Выгляни, солнышко», «Традиционные башкирские музыкальные инструменты», «Курай», «Песни Северных Амуров», «Наследие Гайсы Еникеева», «Салауат күпере», «Музыкально-поэтическое наследие башкирского народа. Песенное творчество», «Яхъя йырау. Башкирские народные песни» и др.
Его произведения, написанные на основе башкирского музыкального фольклора, изданы во многих сборниках и исполняются учащимися в учебных заведениях.
Редакция журнала "Рампа. Культура Башкортостана" от всего сердца выражает соболезнования родным и близким Айрата Минниахметовича в связи с его безвременной кончиной.